feat(§03): 实现 MCP Server 核心 - Storage/Service/Tool/MCP Protocol Layers

**Storage Layer:**
- Database 类（aiosqlite + WAL + 并发保护）
- WikiPage 数据模型
- fix_dirty_states 恢复机制
- FTS5 全文搜索支持
- 完整的 SQLite 表结构

**Service Layer:**
- CacheService（LRU 缓存 + TTL + 大小限制）
- QueryService（查询服务）
- ParserService（Markdown 解析）
- IndexerService（索引服务）
- GraphService（链接图服务）

**Tool Layer (8 个 MCP Tools):**
- wiki_query - FTS5 全文搜索 + 标签过滤
- memory_bridge - 按工具来源浏览
- wiki_status - 索引状态
- wiki_lint - 健康审计
- cross_linker - 缺失链接发现
- tag_taxonomy - 标签一致性
- wiki_synthesize - 跨概念综合分析
- daily_update - 日常维护 + hot.md 生成

**MCP Protocol Layer:**
- MCP 协议解析和封装
- 工具注册和路由
- 错误处理和日志
- stdio 模式支持

**配置和部署:**
- requirements.txt
- config.example.yaml
- ecosystem.config.cjs (PM2)

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

mcp_server/services/__init__.py

@@ -0,0 +1,19 @@
+"""
+Service Layer - 服务层
+
+提供各种服务：缓存、查询、索引、解析、图服务。
+"""
+
+from .cache import CacheService
+from .query import QueryService
+from .parser import ParserService
+from .indexer import IndexerService
+from .graph import GraphService
+
+__all__ = [
+    "CacheService",
+    "QueryService",
+    "ParserService",
+    "IndexerService",
+    "GraphService"
+]