feat(§03): 实现 MCP Server 核心 - Storage/Service/Tool/MCP Protocol Layers

**Storage Layer:**
- Database 类（aiosqlite + WAL + 并发保护）
- WikiPage 数据模型
- fix_dirty_states 恢复机制
- FTS5 全文搜索支持
- 完整的 SQLite 表结构

**Service Layer:**
- CacheService（LRU 缓存 + TTL + 大小限制）
- QueryService（查询服务）
- ParserService（Markdown 解析）
- IndexerService（索引服务）
- GraphService（链接图服务）

**Tool Layer (8 个 MCP Tools):**
- wiki_query - FTS5 全文搜索 + 标签过滤
- memory_bridge - 按工具来源浏览
- wiki_status - 索引状态
- wiki_lint - 健康审计
- cross_linker - 缺失链接发现
- tag_taxonomy - 标签一致性
- wiki_synthesize - 跨概念综合分析
- daily_update - 日常维护 + hot.md 生成

**MCP Protocol Layer:**
- MCP 协议解析和封装
- 工具注册和路由
- 错误处理和日志
- stdio 模式支持

**配置和部署:**
- requirements.txt
- config.example.yaml
- ecosystem.config.cjs (PM2)

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

mcp_server/tools/cross_linker.py

@@ -0,0 +1,87 @@
+"""
+Tool Layer - cross_linker 工具
+
+扫描 wiki，自动发现缺失的交叉引用。
+
+参考设计文档：第 2.2 节
+"""
+
+import logging
+from typing import Dict, Any, List
+from ..services import GraphService
+
+logger = logging.getLogger(__name__)
+
+
+class CrossLinkerTool:
+    """cross_linker 工具实现"""
+
+    def __init__(self, graph_service: GraphService):
+        self.graph_service = graph_service
+
+    async def handle(self, path: str = "", dry_run: bool = True) -> Dict[str, Any]:
+        """
+        扫描 wiki，发现缺失的交叉引用
+
+        Args:
+            path: 指定路径（空字符串表示全部）
+            dry_run: 是否为模拟运行（不实际修改）
+
+        Returns:
+            {
+                "missing_links": [
+                    {
+                        "source": "practices/a.md",
+                        "target": "concepts/x",
+                        "suggestion": "Consider creating [[concepts/x]]"
+                    }
+                ],
+                "total": 12,
+                "dry_run": true
+            }
+        """
+        # 获取缺失的链接
+        all_missing = await self.graph_service.find_missing_links()
+
+        # 过滤指定路径
+        if path:
+            missing_links = [(s, t) for s, t in all_missing if s == path or t == path]
+        else:
+            missing_links = all_missing
+
+        # 格式化结果
+        missing_links_formatted = []
+        for source, target in missing_links:
+            missing_links_formatted.append({
+                "source": source,
+                "target": target,
+                "suggestion": f"Consider creating [[{target}]] or updating the link in [[{source}]]"
+            })
+
+        return {
+            "missing_links": missing_links_formatted[:50],  # 最多返回 50 条
+            "total": len(missing_links),
+            "dry_run": dry_run
+        }
+
+    def get_schema(self) -> dict:
+        """返回 MCP Tool schema"""
+        return {
+            "name": "cross_linker",
+            "description": "扫描 wiki，自动发现缺失的交叉引用",
+            "inputSchema": {
+                "type": "object",
+                "properties": {
+                    "path": {
+                        "type": "string",
+                        "default": "",
+                        "description": "指定路径（空字符串表示全部）"
+                    },
+                    "dry_run": {
+                        "type": "boolean",
+                        "default": True,
+                        "description": "是否为模拟运行（不实际修改）"
+                    }
+                }
+            }
+        }