feat(§03): 实现 MCP Server 核心 - Storage/Service/Tool/MCP Protocol Layers

**Storage Layer:**
- Database 类（aiosqlite + WAL + 并发保护）
- WikiPage 数据模型
- fix_dirty_states 恢复机制
- FTS5 全文搜索支持
- 完整的 SQLite 表结构

**Service Layer:**
- CacheService（LRU 缓存 + TTL + 大小限制）
- QueryService（查询服务）
- ParserService（Markdown 解析）
- IndexerService（索引服务）
- GraphService（链接图服务）

**Tool Layer (8 个 MCP Tools):**
- wiki_query - FTS5 全文搜索 + 标签过滤
- memory_bridge - 按工具来源浏览
- wiki_status - 索引状态
- wiki_lint - 健康审计
- cross_linker - 缺失链接发现
- tag_taxonomy - 标签一致性
- wiki_synthesize - 跨概念综合分析
- daily_update - 日常维护 + hot.md 生成

**MCP Protocol Layer:**
- MCP 协议解析和封装
- 工具注册和路由
- 错误处理和日志
- stdio 模式支持

**配置和部署:**
- requirements.txt
- config.example.yaml
- ecosystem.config.cjs (PM2)

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

mcp_server/tools/daily_update.py

@@ -0,0 +1,105 @@
+"""
+Tool Layer - daily_update 工具
+
+日常维护（检查源新鲜度、更新 index、重新生成 hot.md）。
+
+参考设计文档：第 2.2 节
+"""
+
+import logging
+from typing import Dict, Any
+from datetime import datetime
+from pathlib import Path
+from ..services import QueryService, IndexerService
+
+logger = logging.getLogger(__name__)
+
+
+class DailyUpdateTool:
+    """daily_update 工具实现"""
+
+    def __init__(self, query_service: QueryService, indexer_service: IndexerService):
+        self.query_service = query_service
+        self.indexer_service = indexer_service
+
+    async def handle(self) -> Dict[str, Any]:
+        """
+        日常维护
+
+        Returns:
+            {
+                "updated": 5,
+                "new": 2,
+                "hot_md_generated": true,
+                "index_status": {...}
+            }
+        """
+        # 1. 增量更新索引
+        index_status = await self.indexer_service.incremental_update()
+
+        # 2. 获取最近更新的页面
+        recent_pages = await self.query_service.db.get_recent_pages(days=7, limit=20)
+
+        # 3. 获取新增标签
+        new_tags = await self.query_service.db.get_new_tags(days=7)
+
+        # 4. 查找孤立页面
+        from ..services import GraphService
+        graph_service = GraphService(self.query_service.db)
+        orphans = await graph_service.find_orphans()
+
+        # 5. 生成 hot.md
+        hot_md_generated = await self._generate_hot_md(recent_pages, new_tags, orphans)
+
+        return {
+            "updated": len(recent_pages),
+            "new": len(new_tags),
+            "hot_md_generated": hot_md_generated,
+            "index_status": index_status
+        }
+
+    async def _generate_hot_md(self, recent_pages, new_tags, orphans) -> bool:
+        """生成热点文件"""
+        try:
+            # 确定 hot.md 保存路径
+            vault_path = Path(self.query_service.db.path).parent.parent / "wiki-vault"
+            hot_path = vault_path / "hot.md"
+
+            # 格式化内容
+            content = f"""# Wiki Hot - {datetime.now().strftime('%Y-%m-%d')}
+
+## 最近更新（7 天内）
+
+"""
+            for page in recent_pages[:10]:
+                content += f"- [[{page.path}|{page.title}]] - {page.updated_at}\n"
+
+            content += "\n## 新增标签（7 天内）\n\n"
+            for tag, updated_at in new_tags[:10]:
+                content += f"- `{tag}` - {updated_at}\n"
+
+            content += "\n## 待链接页面（孤立页面）\n\n"
+            for orphan in sorted(list(orphans))[:10]:
+                content += f"- [[{orphan}]]\n"
+
+            # 写入文件
+            with open(hot_path, 'w', encoding='utf-8') as f:
+                f.write(content)
+
+            logger.info(f"Generated hot.md: {hot_path}")
+            return True
+
+        except Exception as e:
+            logger.error(f"Failed to generate hot.md: {e}")
+            return False
+
+    def get_schema(self) -> dict:
+        """返回 MCP Tool schema"""
+        return {
+            "name": "daily_update",
+            "description": "日常维护（检查源新鲜度、更新 index、重新生成 hot.md）",
+            "inputSchema": {
+                "type": "object",
+                "properties": {}
+            }
+        }